公司擅自罚款不一定合法。依据《劳动合同法》等，无规章制度则罚款违法；有制度规范且员工违规，则罚款可能合法。擅自罚款可能导致员工权益受损，影响公司声誉。
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公司擅自罚款的处理方式需视情况选。有制度依制度处理；无制度则可投诉、调解、仲裁或诉讼。选择方式应考量效率与效果，优先内部解决，不成再诉诸法律。
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公司擅自罚款不合法。处理方式：1.查公司制度，无依据则反对罚款；2.有制度且违规，接受罚款或申诉；3.无制度或罚款不公，向劳动部门投诉；4.申请调解或仲裁；5.必要时提起诉讼。